Suomalainen Lääkäriseura Duodecim on luottamushenkilöorganisaatio. Korkein päätäntävalta on seuran jäsenillä.

Seuran ylin päättävä elin on valtuuskunta, johon seuran jäsenet valitsevat 40 jäsentä joka kolmas vuosi pidettävissä vaaleissa. Valtuuskunta valitsee seuran 12-jäsenisen hallituksen, joka vastaa seuran käytännön toiminnasta. Hallitukseen kuuluvat seuran valiokuntien puheenjohtajat. Valiokunnat suunnittelevat seuran toimintaa.