Duodecimilla on aluetoimistot Kuopiossa, Oulussa, Tampereella ja Turussa. Aluetoimistot palvelevat alueensa lääkäri- ja opiskelijajäseniä.
Aluetoimistot järjestävät oman yliopistonsa lääketieteen opiskelijoille tilaisuuksia, joissa opiskelijat kutsutaan liittymään seuran jäseniksi ja joissa esitellään sekä Duodecim-seuran että Kustannus Oy Duodecimin toimintaa. Aluetoimistot toimivat paikallisten Duodecim-seurojen jäsenpalvelutoimistoina ja vastaavat alueellisten lääkäripäivien ja muiden vuosittain järjestettävien koulutustilaisuuksien järjestelyistä yhdessä paikallisyhdistysten kanssa.
Aluetoimistojen yhteydessä työskentelevät kunkin alueen aluekoulutuspäälliköt, jotka toimivat Duodecim-seuran yhdyshenkilöinä alueen paikallisyhdistyksiin ja osallistuvat alueellisten lääkäripäivien sekä muiden koulutustilaisuuksien järjestelyihin.