Duodecim myöntää vuosittain maamme arvostetuimmat lääketieteelliset tunnustuspalkinnot, Matti Äyräpään palkinnon menestyksellisestä tutkimustyöstä ja Konrad ReijoWaaran palkinnon ansioista käytännön lääkärin työssä. Muita seuran jakamia palkintoja ovat muun muassa Nuoren tutkijan palkinto, Laimi Leidenius -palkinto sekä Tiedottajapalkinto.

Palkinnon saajia voivat ehdottaa Duodecim-seuran jäsenet. Tarkemmat tiedot palkintojen myöntämisperusteista ja ehdotusten tekemisestä palkinnonsaajiksi ovat kunkin palkinnon kohdalla.